区别在于国企副总属于企业高层，国企总经理助理不属于企业高层。国企副总是企业领导班子成员，在总经理领导下，分管企业的某方面的工作。而国企总经理助理是在总经理领导下，协助总经理处理具体的业务工作，只对总经理负责，与国企副总不是平级关系。