由于黄河经常泛滥，高处水源缺乏和工程不够完善等原因，以至终元之时，海运仍占主要。

明清两朝重点治理京杭大运河的策略主要有，一是找准分水地点。

二是解决黄河和运河分离问题，因为淮阴至徐州间借黄行运风险大。

三是对江淮间的运河，已开挖运河的方法，使湖漕分离，以避诸湖风浪。

四是解决运河与黄河的交叉问题，因为黄河高运河低，为缩小黄韵之间的水头差，而采取弯道，故有三湾顶一坝之说。今淮阴西南的一段运河，与黄河之间就变成之字形湾道，同时在淮安与马头镇之间不断开凿引河，漕船才能出闸过黄河。