社保卡定点医院拿药会扣余额，社保卡拿药指的是个人使用社保卡在医保定点药房购买药物，而购物的费用就是从社保卡的医保卡帐户中支出的，所以社保卡里面的钱会减少的，也就是减少了你购药的金额。其实你在医保定点药房购药和医院就诊一样，都会从社保卡上扣钱的。