一、结构不同

1、五碳糖：戊糖中最重要的有核糖（醛糖）、脱氧核糖（醛糖）和核酮糖（酮糖）。核糖和脱氧核糖是核酸的重要成分核酮糖是重要的中间代谢物，又称木糖。

2、碱基：碱基都是杂环化合物，氮原子位于环上或取代氨基上，其中一部分（取代氨基，以及嘌呤环的1位氮、嘧啶环的3位氮）直接参与碱基配对。

二、组成不同

1、五碳糖：又叫戊糖，一个分子中含有5个碳原子的糖。

2、碱基：是指嘌呤和嘧啶的衍生物，是核酸、核苷、核苷酸的成分。