偶蹄目和奇蹄目动物都有一个共同的祖先，即古新世（第三纪的第一个世，距今6500万年～距今5300万年）的踝节目动物。

古新世时踝节目动物很繁盛，广泛的分布于北美和欧亚大陆，它们脑袋小，长有所有种类的牙齿，以杂食或者草食为主。它们的脚有五趾，蹄趾很窄，像爪或增大成蹄。