自性清净是指我们的心本来是清净无染的，好比一个镜子应物现形，镜子前出现什么它照出来就是什么，但镜子本身里面什么也没有，说不上是什么颜色。前面的物体来来去去，镜子本身不受到影响。比喻这个能觉照的心谈不上善恶取舍。

自净其意则是说一个人自省自查，自己清理自己那些不好的想法，不生邪念，恶念，保持正念，善念。好比清理镜子上的污垢，有所取舍。