乾隆有感于准噶尔部落反复的叛乱、平叛、再叛乱的恶迹，下定决心“尽行剪灭，永绝根株”，对准噶尔部实施了彻底灭族，六十万准噶尔部人被屠戮殆尽，从此，准噶尔从一个民族变成了一个地名

乾隆的要求是“总以严行剿杀为要”，即能杀就不放过，兆惠和他的副手富徳严格执行了命令，清军分成多支搜索队，沿着山头河谷展开拉网式排查，每个网格之内的准噶尔人都绝无活命的机会。当时的情景非常残忍，战争中侥幸逃生的准噶尔人，面对高举屠刀的清军，丝毫不敢反抗，男子听到清军的呼喊，乖乖从藏匿处走出来，一个一个被砍头，竟然毫无声息，引颈受死。妇孺也全部沦落为奴，押回内地赏军，而且还大部分都死在了路上，最终使得当时的准噶尔部彻底灭绝。