莱茵河上、中、下游河水主要补给类型各不相同。在巴塞尔以上为莱茵河上游，流经在阿尔卑斯山区，主要靠高山积雪冰川融水补给，夏季冰雪融化量多，流量也最大，形成高水位。

中游流经莱茵河峡谷，春季季节性积雪融水补给量大。下游为雨水补给，西欧平原和波德平原西部受大西洋影响大，降水丰沛，季节分配均匀。秋冬季降雨稍多。

由上、中、下游补给类型在季节上的差异性和互补性，使得下游航运终年水量稳定而丰富，水位高，航运条件好，曼海姆以下能通行5000吨级船舶，7000吨级船舶自河口可抵达科隆、实现了河海联运。