芽孢在显微镜下显示圆形或卵圆形，有的位于菌体的顶端，有的位于菌体的中央或次极端。

通过显微镜镜检枯草芽孢杆菌的营养体形态为长杆状，而且可以产生芽孢，芽孢一般为椭圆形而金黄色葡萄球菌为球状，通过显微镜观察菌体形态可以将二者区分开来。