氢能源燃料电池的生产工厂是有些污染的，不过这种污染可以通过科学管理，经过改良转化为无污染的净况的，如果原料源是水，经过电解产生的氢能源，就没有汚染了，如果是其它的材料来提取氢燃料的话，可能就有污染了，要具体情况进行具体的分折的。