因为台湾有服兵役的制度，吴奇隆是应征入伍。
1994年，吴奇隆体专毕业后，由于运动伤害造成右肩习惯性脱臼，两次兵役申请复检都判定为不合格。但其后三年经复检八次，吴奇隆的兵役问题却一直没有结论。期间吴奇隆因此错失很多日本、韩国演出机会，王家卫的重庆森林、堕落天使和琼瑶的还珠格格等都曾找过他，却无法接下。
1997年，在吴奇隆的兵役体检快要被判定为不合格时因舆论的介入造成了逆转。当时的男大学生们，对他能拍打戏却不能当兵进行质疑，要求他必须服兵役。
1997年2月17日，吴奇隆报到开始服役。2月18日，手臂脱臼被送医院急诊。7月27日，因陆续五次严重脱臼，自费到荣总医院再次开刀手术，但康复情况不理想。1998年4月10日，被通知暂时停役返家等候验退。9月22日，收到通知判定为不合格，退役。
吴奇隆为什么要服兵役
吴奇隆服兵役是因为他年满十八岁。在台湾省的法律当中，年满十八岁的男子，都要服兵役三年到四年。除非你有指定医院开据的证明，或身体原因，或精神原因除外。否则都要服兵役。在校的学生或有特殊情况的可以延期服役。这也是当年小虎队解散的原因。
吴奇隆为什么要服兵役
吴奇隆因为右肩有习惯性脱臼，本来体检被判定为不合格，不用服兵役。但是，吴奇隆因为要还债，不得不拍一些武打戏。台湾的男大学生们就不服气，说他为什么能拍武打戏不能服兵役，就联合起来给政府写信，要他服兵役。台湾政府迫于压力，就把吴奇隆征进去了。结果进去没多久，又脱臼了多次，吴奇隆就被告知重新体检，在家等消息。一等就是差不多一年。期间不能工作，没有收入，还把房子卖了才够家人维持生活。后来，结果下来了，不用再服兵役。
