区别在于：

第一、使用方不同：记账联由开票方留存记账用，发票联由购买方使用。

第二、作用不同：记账联是开票方自已留存用来制作会计凭证的原始凭证发票联要交给购买方用以报销、记账、制作会计凭证的依据。

第三、会计科目不同：开票方涉及应收账款、主营业务收入、应缴税金发票联涉及应付账款、应缴税金、原材料等。