最大的区别就是基元反应是一步生成，非基元反应是多步骤生成，非基元反应要经历一个中间态。基元反应本身是指没有中间产物，一步完成的反应，这个是定义。

实际在判断是否有中间反应，在早先一般通过表观动力学方法，在假设为基元反应以后经过一些表观动力学的测试和验证，证明没有中间产物，一步完成就可以。但是这种方法后来被证明不科学，因为很多多步反应的中间体和中间反应步骤无法控制或者速率太快，寿命太短。