1、所有人不同：医保统筹基金的所有人是全部参保人员，个人账户的所有人是参保人本人。

2、基金构成不同：统筹基金实现基金共济，来源是各单位给员工缴纳的医保费用部分而个人账户资金主要来源参保人员自己缴纳的费用和单位缴纳的部分费用。

3、报销范围不同：医保统筹支付是用来报销住院医疗费用、特殊门诊费用、一些化疗透析等治疗费用等大额费用而个人账户用来购买药品、门诊费用、统筹支付后需要个人承担的部分等小额费用。