1、种属不同。

小锦鲤：属于鲤形目鲤科鲤属的一种鱼类。

金鱼：是鲤形目鲤科鲫属鲫鱼种金鱼亚种。

2、外形差异。

小锦鲤：体型类似于鲤鱼，比鲤鱼体型小一些，一般在20厘米以下，颜色艳丽，花纹多变，是一种非常高档的观赏鱼。

金鱼：体型和鲫鱼类似，鱼鳍更发达，颜色多种多样。