南海牛轭礁的位置处于海南省三沙市里的南沙群岛中的九章群礁的最东端，经纬度是北纬的9度57分10度00分，东经的114度43分。是九章群礁东北端的一个大礁。

牛轭礁的名字来源于它的礁的形状，它的形状从卫星上看特别像农户用于耕地的一个能做器具牛轭，它的形状是成一个人字形，所以被称为牛轭礁。