反密码子理论上有64种，但是因为密码子中有3种是终止密码子，他们不能决定氨基酸，所以这3种密码子不属于反密码子，因此反密码子实际上只有61种。

反密码子是在tRNA的三叶草形二级结构反密码臂的中部，可与mRNA中的三联体密码子形成碱基配对的三个相邻碱基。在蛋白质的合成中，起解读密码、将相应的氨基酸引入核糖体A和P位点的作用。