国家文物局对安徽巢湖水下古城应该有保护批示。现在不进行发掘，是为了进行更好的保护。已利于后代在适当的时候进行发掘。我国有很多的文物古迹发现了也没有进行挖掘。比如陕西的秦始皇陵，还有新疆罗布泊的楼兰古城遗址。肯定还有很多，也是留待今后亦或留待给我们的后人，让他们在进行发掘与研究。