采用化学成分未知或不全知的天然有机营养物质配制而成的培养基。常用的天然有机营养物质有马铃薯、小麦、大豆粉、高粱粉、薯类、胡萝卜、米糠、麸皮、各种秸秆、木屑、甘蔗渣、棉籽壳、豆腐渣、酒糟、禽畜粪等。天然培养基营养齐全，取材容易，价格低廉，配制方便，是培养菌种和栽培生产理想的培养基。

但是由于同一天然物质的营养成分，常因产地、收集季节或品种的不同而异，故不适宜做精确的（如营养生理方面）科学实验材料。

配制天然培养基宜采用新鲜无毒变的材料，秸秆要切短，壳粒需粉碎。