在干燥的环境下身体会因此而干燥，翅膀很容易损伤，超声波无法探测到蜘蛛网，有可能会被大型吃掉，大部分蝙蝠不能在白天离开洞穴...蝙蝠的视力不是很好，很弱，所以强烈的灯光刺激会使它承受不住。

穴居蝙蝠的主要天敌主要有蛇类，蜥蜴等树栖型（一些果蝠）的天敌还有一些猛禽和猫科动物。蝙蝠还有的天敌就是人类，如关岛大蝙蝠就是因为当地人的捕食而灭绝的。