主要是用鳃呼吸，水流从口流入及有鳃孔流出，在不断通过鳃的时候进行气体交换。因此鱼鳃有着特殊结构鱼主要的呼吸器官是鳃，而不是鼻子。鱼的鼻子不与口腔相通，只是单纯的嗅觉器官。所以，相较陆地动物，鱼儿有着不同的呼吸方式。鳃位于鱼的口咽腔两侧，由鳃弓、鳃耙和鳃丝组成。鱼一般有5对鳃弓，内缘是鳃耙、外侧2个比列的鳃片，鳃片由无数的鳃丝排列构成，每条鳃丝又生出许多突起的鳃小片，能增大与水的接触面，提高气体交换效率。