灰原哀在名侦探柯南出场于第129集《来自黑衣组织的女子》。

剧情中灰原哀作为转学生来到柯南班里，并且在假钞案件中加入到了少年侦探队的团体中。案件过后灰原哀则在与柯南两个人单独的时候，假装自己还是黑衣组织成员要消灭他周围的人让柯南大为震惊，之后回到博士家知道了灰原哀被迫脱离了组织希望能够得到柯南的帮助。