大小额支付系统和网银是不能进行比较的，因为大小额系统是人民银行为了实现商业银行跨行支付而建立的一套系统，网银是商业银行为了方便客户自助操作而建立的一套客户服务的综合服务平台。

他们之间的唯一联系就是在网上银行进行跨行支付时会使用大小额支付系统。