支付三个月房租的会计分录为，借记预付账款贷记银行存款，按三个月摊销时借记管理费用，贷记预付账款，如果数额不是很大，也可以将三个月的房租一次计入当期费用，会计分录为借记管理费用，贷记银行存款，按照权责发生制的原则，预付三个月的房租可以分摊至三个月进行会计处理。