区别：一、行动性质不同。特别行动是有特殊任务而采取的行动，并非全是强制或暴力行动反恐行动是针对暴恐分子的行动，采取一切手段坚决制止和打击。

二、行动力量不同。特别行动军、警、民都可参加，譬如：抢险救灾、抓捕犯罪嫌疑人等，一切能动员的力量都可参加行动而反恐行动的基本力量是军、警，尤其对待暴恐，要有武装力量持枪行动。

三、行动后果不同。特别行动以完成任务为目的，反恐行动则以打击和消灭恐怖势力为结果。