最大区别是职称高低不同。

农业技术员是初级职称中最低级别的职称。

助理农艺师也是初级职称，但比农业技术员高一级别。

农业技术员与助理农艺师的区别

农业技术员和助理农艺师都是农业技术推广站（中心）的专业技术人员评审的初级职称。专业技术职称初级职称包括技术员和助理两个级别。助理职称比技术员高一个级别。事业单位中，具有大专以上学历的人员，可以不评审技术员，而在实习期满后，可免试参评助理职称。