最重要的污染物主要有生产检验使用的化学试剂、生产副产物、中药提取药渣、废气。具体成分在2007年将出台的《制药工业污染物排放标准〉中作具体说明。

制药行业生产过程中产生的“三废”量大，废物成分复杂，污染危害严重，给最终的废气末端治理带来困难。VOCS是制药工业中最主要的大气污染物之一，制药工艺中往往需要采用有机溶剂对药品进行分离和提取，这些有机溶剂大部分都为VOCS。制药厂除臭剂可以处理氨氮废气、VOCS等恶臭气味，是制药企业针对废气臭味治理的除臭药剂。