1、种属不同。

比目鱼：是辐鳍鱼纲鲽形目鱼类的通称。

黄花鱼：鲈形目石首鱼科黄鱼属的鱼类。

2、外形差异。

比目鱼：体极侧扁，成鱼身体左右并不对称，两眼位于一侧，体色土黄色，带有斑点。

黄鱼：体型近似于长方形，侧扁，体长约30厘米，头大，体背灰黄色，下侧金黄色。