配对的原则是：

（1）嘌呤碱基专与嘧啶碱基配对，而且腺嘌呤（A）专与胸腺嘧啶（T）配对（在RNA分子中，腺嘌呤专与尿嘧啶（U）配对）鸟嘌呤（G）专与胞嘧啶（C）配对。

（2）四种可能的碱基对为A—T、T—A、G—C和C—G。A和T间构成两个氢键，G和C间构成三个氢键，四种碱基对的大小几乎相同。

（3）配对的两个碱基之间是互补的，这样有利于氢键的形成，对双螺旋结构起稳定作用.碱基配对原则，对DNA的半保留复制，具有特别重要的意义。