上游启动子在起始密码子的上游，而下游启动子在起始密码子的下游并包括起始密码子。

启动子的意思是DNA分子上能与RNA聚合酶结合并形成转录起始复合体的区域，在许多情况下，还包括促进这一过程的调解蛋白的结合位点。

转录起始位点意思是转录时，RNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。

启动子位于转录起始点上游，也有转录起始位点与启动子有重合的。