两个词的区别在于含义不同。磨合的意思原指新组装的机器，通过一定时间的使用，把摩擦面上的加工痕迹磨光而变得更加密合。现比喻在彼此合作的过程中逐渐相互适应，协调。

交汇的意思是指水流，气流等聚集在一起，会合。比如说，经过一段时间的磨合，两个人的配合日渐成熟。