第一，原产地不同，扬子鳄主要分布于江苏、浙江、安徽，是中国独有的独有物种而湾鳄其分布范围甚广，主要分布在东南亚，南亚，菲律宾，巴布亚新几内亚，马来群岛，在澳洲北部最为集中。第二，大小不同，扬子鳄个体比较小，体重在30～45公斤左右而湾鳄体重500-1400公斤。第二，保护级别不同，扬子鳄是中国的国家一级保护动物而湾鳄不是。