金融硕士和审计硕士最大的区别是专业知识不同。因为金融硕士和审计硕士都是文科类，基础知识都是大同小异差不多，但是专业知识不同了。

金融专业硕士专业课是以金融学为主，毕业去向是银行及证券公司等单位。而审计专业硕士专业以审计学为主，毕业去向是审计局和会计师事务所及审计机构。