支付宝商家码收钱是有手续费的。根据规定，使用商家收款码要收取的手续费为百分之0.55，但是支付宝会有补贴，在次月补百分之0.2。

另外当商家开通了花呗收钱或信用卡收钱服务，客户使用花呗或信用卡付款时，每笔将会按照实际金额的0.8%来收取费用，不过支付宝经常会有活动，具体费率要以页面显示结果为准。