藻类爆发会造成水体缺氧：池塘中藻类大量爆发后，到了夜间藻类会进行呼吸作用消耗大量的氧气，造成水体缺氧。

藻类爆发会释放出大量藻毒素：池塘藻类爆发容易出现倒藻现象，藻类细胞壁破裂会有藻毒素溢出，会损害养殖品种，破坏池塘水质。

败坏底质：藻类位于水体遮蔽水体阳光，长此以往导致水体底部发酵，产生一系列的底部连锁反应问题。