部门结构断层是指在管理实施过程中，部分事务在从上层到下层运行过程中遇到上下层级口径不一致，或者事务在开始到结束的过程中环境出现变化，导致的事务无法进行或者效率低下，这些导致不良结果出现的、可以事先尽量避免的障碍称为部门结构断层。

不同于组织管理断层，部门结构断层侧重于事物发展而不是组织结构，可以就单件事物进行分析，因此具有一般性。