马来群岛上的地形以山地为主，且多分布在岛屿中部。平原比较狭小，主要分布在沿海，只有爪哇岛北部和苏门答腊岛东部平原面积较大。马来群岛处于地壳运动活跃的地方，由于三大板块（太平洋板块、印度洋板块和亚欧板块）彼此挤压，时常引发地震。

在地壳隆起形成山地的同时，地下灼热的岩浆也顺地裂缝上涌，在地面喷发形成火山，多火山地震。