1、用途不同。城市生活垃圾管理由清扫、收集、运输和处理四个环节组成，卫生保洁费用于前面三个环节，垃圾处理费用于生活垃圾管理的最末端环节，即在垃圾处理厂(场)内对垃圾进行焚烧发电和卫生填埋等无害化处理所需的费用。

2、收费方式不同。卫生保洁费按照“谁服务谁收费”的原则，由清洁服务单位直接向服务对象收取，垃圾处理费由政府部门统一组织征收，缴入市财政专户，专款专用。