两个词的区别在于指向不同。磨合的意思多用来比喻在彼此合作的过程中逐渐相互适应，协调。如磨合期，磨合过程等。磨擦的意思是指物体与物体接触并来回移动。比如说，每当粉笔在黑板上打滑时，发出的磨擦声就会让我变得心烦意乱，焦躁不安。