纯天然玛瑙仅从颜色上来讲不考虑通透度、厚度、净度等标准的话，玛瑙颜色以红色为珍贵，一般红、蓝、紫、粉红比较受欢迎。其次是天然绿、天然黄、天然蓝、天然草花等鲜艳的颜色。

玛瑙种类很多，南红玛瑙、战国红玛瑙、冰糖玛瑙、北红玛瑙、绿玛瑙、紫绿玛瑙、盐源玛瑙、缠丝玛瑙、火玛瑙、戈壁玛瑙、葡萄玛瑙、狼血玛瑙、新疆和田玛瑙籽料、虫玛瑙等。