RO膜反冲洗是很重要的，对RO膜的使用寿命有很大的影响。RO膜因为长期使用会导致细菌杂质、微生物等吸附在膜壁上，继而导致RO膜性能下降。RO膜必须定期进行反冲洗，否则会使RO膜堵塞。

RO膜清洗处理是一个细致而又烦杂的工作，且多次清洗易损坏。由于一根膜壳中通常不是一根膜，所以这些膜的污染情况也存在差别，因此清洗效果差，而且还容易形成交叉污染。为了减轻清洗工作，必须要搞好前置预处理，严格把好水质关。