印度尼西亚人在民族成分、人种类型、语言和宗教上的复杂情况，是在历史上受到多次移民浪潮的冲击和外来文化的影响逐渐形成的。

早在更新世中期，印度尼西亚群岛即有人类居住，以爪哇直立猿人为代表。但现在的印度尼西亚人并非爪哇猿人的直接后裔。至今留有后裔的古老居民，是属于尼格罗–澳大利亚人种的尼格利陀人、维达人和巴布亚人。

约在旧石器时代后期通过当时连接亚洲大陆的陆桥逐步迁来，距今至少已有两万多年的历史。其后裔为今日的库布人、普南人和托亚拉人，以及西伊里安的巴布亚人，在全国人口中仅占少数。