目前发现的瞳孔颜色有棕色、黑色、蓝色、绿色、灰色。没有红色。瞳孔呈红色常见于眼外伤或某些眼内出血疾患。

亚洲人（蒙古人种）的特点是黄色瞳孔，非洲人（尼格鲁人种）特点是黑色瞳孔，欧洲人（欧罗巴人种）的北欧一支特点是蓝色。其实瞳孔的颜色和人体自身色素有关，瞳孔的颜色和体色毛色是相关的。 越往北部的种族接受日照越短，导致体内黑色素变少所以瞳孔就越来越淡。