三趾马化石极具科学研究价值。是研究距今1000多万年到100多万年古马进化到现在马得重要依据。

三趾马是马科进化谱系树中的一个旁支，并不是现生马的直系祖先。体型上小的如驴，大者如马。上颊齿有孤立的原尖和极多的窝内细褶，是三趾马和一切其他马类的区别。头骨上的眶前窝在大多数种类中都很发育（现生马没有）前肢3趾，中指显着粗大于两侧指。三趾型前肢并不是三趾马所特有。

除始新世的原始四趾型马类及中新世晚期向真马过渡的单趾类型，如上新马(Pliohippus)等，大部分化石马类都是三趾型。