交叉互换是联会的时候同源染色体的非姐妹染色单体上面的片段互换，自由组合是指非等位基因自由组合。

自由组合是指减数第一次分裂的后期，当同源染色体分离的同时，非同源染色体上的等位基因谁跟谁分到一个细胞中呢是这条染色体上的A与另一条染色体上的B分到一个细胞中还是与b分到一个细胞中呢，无所谓。这里所说的就是自由组合。

而交叉互换呢，是同源染色体上的非姐妹染色单体间交换了某一区段，事情发生在减数第一次分裂的前期，都已经交换了，还能自由吗当然不能，但这也算是基因重组的一种情况。