基伍湖也位于东非大裂谷断裂带上，由于板块张裂，湖泊所在区域断裂下陷，形成湖盆，地表水汇聚从而形成湖泊。

基伍湖湖水密度上小下大，阻碍表层水体与底层水体之间的交换，底层水体相对静止，不利于湖水的更新水体流动性差，水体含氧少，二氧化碳、硫化氢等有害气体和盐类物质集聚湖底，破坏湖底生物生存环境，导致水生生物无法生存。