细脂多糖由三部分组成：类脂A、核心多糖、O-抗原。LPS中的类脂A部分作为脂质双分子层外层的组成部分进入到脂质层中，糖链部分暴露在细胞外面，然后以这种形式存在于革兰氏阴性细菌的细胞表面。

在LPS的生理活性表现中被认为起到最重要作用的是类脂A部分，类脂A可以单独体现其生理作用。