建立鱼缸内硝化细菌系统，饲养者首先需要进行晒水。需要将自来水放在太阳下晾晒三天，去除氯气以及增加水中氧气溶解量。

随后饲养者需要将晒好的水加入到鱼缸中，并在在鱼缸中搭建生化棉和细菌屋。然后往生化棉以及细菌屋上倒入硝化细菌浓缩液和胶囊，培养硝化细菌。

随后，饲养者需要进行打氧，补充氧气促进硝化细菌繁殖。待硝化细菌大肆繁殖后，饲养者就可以去除掉生化棉和细菌屋，鱼缸内的硝化细菌系统就已经建立完成。