当然是系主任大。系主任是一个学院的中层领导，管理一个系几十甚至上百个老师以及成百上千个学业。辅导员只是从事学生管理的普通行政人员。系主任的权利和责任要比辅导员大很多，老师排课、各种考核评优、绩效分配、专业评估、实验室管理等都要通过系主任。