第一，浸浴法将亚甲基蓝配制成浓度为10mg/L溶液，将鱼类等放入其中浸浴10~20分钟，可以防止水霉病。

第二，泼洒法向池中直接泼洒，使池水中药物浓度达到2~3mg/L，隔一天再使用一次，连续使用两次，可以治疗各种海淡水的水霉病和河蟹的链壶菌病。 　

第三，与呋喃哒嗪合用使池水中呋喃哒嗪和亚甲基蓝的浓度分别达到5mg/L和1mg/L，对治疗鲤鱼水霉病有较好的效果。